余英時對中國儒家思想和歷史，用功甚勤，治學極深。與其他的學問家如饒宗頤不同，余英時有融會貫通之力，更由中國的歷史思想，對政治有尖銳而勇敢的見解。余英時為中國的病症，窮幾十年探究藥方，企圖拯救國魂，實為精深博大，博古通今。
舉例於萬一：余先生對於「宋明理學」殊有研究。宋朝有朱熹，明朝有王陽明。一般將宋明兩朝並列，並讚揚朱熹與王陽明振興孔孟儒家的貢獻。
但宋明理學與孔孟儒學有何不同？余英時指出：孔孟身處的時期是春秋，那時定為一尊的秦暴君帝國尚未出現。但一千多年之後到了北宋，孔孟思想即使能承傳，是因為中國經過秦漢、隋唐，到了北宋，家天下的帝王政治已經穩固成形。而定位一尊的帝國政治是孔孟在生時，沒有見過的局面。
因此，朱熹在宋代，結合了趙氏皇帝，家天下的結構，上瞻李唐的盛世，對於宋朝的帝王政治提出「內聖外王」的要求。
但這時因為宋代帝王歷朝都比較開明，容得下士大夫的異見，因此宋朝的知識人膽敢以孔孟之道，向皇帝提出「內聖外王」的要求，也就是要求帝王要繼承孔孟的儒家仁愛思想，做到勤政愛民。
但是經過蒙古人統治之後，朱元璋的明朝，對士大夫不但極盡羞辱之能事，還非常殘酷。因此，到了王陽明出現，明代的讀書人已經不敢以「內聖外王」來約束帝王統治者，而轉向知識分子本身的心性修養。也就是說，不敢再碰「外王」。明朝的統治比宋朝趙性更殘酷，明代的理學，比宋代有了更嚴苛的自我審查。
宋朝的官員，追求的是「得君行道」，亦即有一個賢良的皇帝，帶頭實踐孔孟的道統。到了明朝，士大夫開始發現，這種道德要求，等同與虎謀皮。同樣是帝皇統治，明朝比宋代更黑暗。
今日，學生對於中國文化，若只死背名詞，即使知道「宋明理學」也沒有用處。宋明本是不同的兩代，理學又如何能一致？余英時是第一個將兩個朝代不同的政治生態與中國的思想結合的人，他悟出中國的思想文化歷史都不能與政治脫鉤。
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