禁針禁灸穴首見於《黃帝內經》，但其不是說禁針或禁灸，而是說不小心的話或可會發生事故的。在《素問•剌禁論》中提到，「剌膺中陷中肺，為喘逆仰息」，膺中就是中府穴，為手太陰肺經，又名膺中俞、膺俞、膺中外俞，是肺經的募穴，手足太陰二經之交會。針中府穴過深易引起氣胸，產生氣短窒息的症狀，嚴重的會導致死亡。
晉皇甫謐編著的《針灸甲乙經》已經開始說到禁針禁灸，如神闕「禁不可刺」，人迎「禁不可灸」，石門「女子禁不可灸刺」。神闕穴，即肚臍，又名臍中，是人體任脈上的要穴，位於命門穴平行對應的肚臍中，若針刺會產生諸多不良反應；人迎穴位於頸部，喉結旁，當胸鎖乳突肌的前緣，頸總動脈搏動處，灸會產生很不好的反應。石門穴乃任脈之穴，位於人體的下腹部，前正中線上，當臍中下2寸，女性懷孕的話，此穴會較不合適，所以說是「女子禁不可灸刺」。
唐朝醫學巨著《外台秘要》，宋·王惟一的《銅人腧穴針灸圖經》，明•張介賓寫的《類經圖翼》，對禁針禁灸都有不同的增論。明代楊繼洲原著、靳賢補輯重編的《針灸大成》一書，載有禁針歌、禁灸歌各一首，總結了前人的認識。
3個頭部禁止針灸的穴位
◎腦戶穴
督脈，首先出自《素問•刺禁論》，按摩可治頭重、頭痛、眩暈、項強，但如果針刺太強，穿入腦部，會刺到延腦，會導致猝死；有「刺頭中腦戶，入腦立死」之說，尤其是嬰幼兒，所以要小心。
◎玉枕穴
足太陽膀胱經，古名玉枕骨，穴居其上，故名。《針灸甲乙經》：「挾腦戶旁一寸三分，起肉枕骨」。針灸的危險之處同腦戶穴，也是怕傷到延腦，所以要小心。
◎承靈穴
承，承受也；靈，神靈也，天部之氣也。該穴名意指頭之天部的寒濕水氣由此匯入膽經。屬足少陽膽經穴，主治頭痛，眩暈，目痛，鼻淵，鼻窒，多涕。穴位位置在頭部，當前髮際上4寸，頭正中線旁開2.25寸。針刺時要沿皮刺，太深仍是怕傷到腦部。
由上述例子，我們可知，針灸處若內有重要臟器者，是要小心的，如雲門穴，手太陰肺經，位於胸膺部，內有肺臟，《針灸甲乙經》曰「不可深刺。」再來是有大血管通過者要小心，如人迎、手五里穴下有大動脈通過，《針灸甲乙經》曰「人迎刺過深殺人」。還有一些特殊作用的俞穴，如三陰交、合谷具有活血通經、墮胎的作用。故明朝高武寫的《針灸聚英•禁針穴歌》提到：「孕婦不宜針合谷，三陰交內亦通論。」
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